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(1)当受设备投资限制，或受到灭菌物品的通用性、多品种小批量产品灭菌的考虑因素时，一般可选用通用的压力蒸汽灭菌器，其中尤以脉动真空蒸汽灭菌器为佳。
(2)考虑到规模生产的经济性、灭菌物品单一且大批量等因素，对压力蒸汽灭菌器而言，应优先选用专用型的湿热灭菌器，如检漏灭菌器、大输液快冷灭菌器、多功能中药灭菌器、软包装灭菌器、强制通风干燥式软包装灭菌器等。
(3)当考虑到灭菌后物品质量的有效性与成品率，对封装液体的灭菌当推水浴式灭菌，其中对混悬剂、乳剂等易沉淀分层、热敏性药液、粘稠性药液的灭菌尤以回转式水浴灭菌为好，其次再是考虑选用专用型的压力蒸汽灭菌器。
(4)当采用含有杂质或其它化学物质的普通锅炉蒸汽作为灭菌介质，对未经包装的物品灭菌可能带来二次污染等不利影响时，则应选用纯蒸汽灭菌器(或称卫生级灭菌器)。
